Van (bijna) alle lichaamsmaterialen kan een algemene bacteriële kweek worden ingezet. Afhankelijk van het materiaal en de meest voorkomende verwekkers bepaalt het laboratorium de meest geschikte kweekmedia en de beste incubatie duur. Dit kan aangepast worden aan de hand van de klinische gegevens: daarom zijn deze essentieel. Van vloeibare materialen en weefsels kunnen gram-preparaten worden gemaakt, van E-swab niet.

Bij een verdenking op een invasieve aspergillose kan ter ondersteuning van de diagnose ook een galactomannan in serum aangevraagd worden. Bij verdenking op cryptokokken infecties kan een antigeen test op serum en/of liquor aangevraagd worden.
Uitstrijken kunnen wel op gisten worden ingezet maar zijn niet betrouwbaar voor diagnostiek op invasieve schimmel infecties.